Het hele jaar door worden binnen en buiten exposities en evenementen georganiseerd die verbanden leggen tussen de collectie en moderne ontwikkelingen op het gebied van kunst en cultuur. Hedendaagse en klassieke onderwerpen krijgen een verrassende benadering en worden van diverse kanten belicht.
Op 27 november 2009 opent het museum het winterseizoen met een kunsthistorische tentoonstelling over Volendam, de kleurrijke plaats aan de voormalige Zuiderzee. De expositie laat Nederlands bekendste vissersdorp zien door de ogen van kunstenaars, die tijdens de vorige eeuw tot het dorp werden aangetrokken, en door de ogen van Koos Breukel, een van de beste hedendaagse portretfotografen van Nederland. De werken zijn te bezichtigen tot en met 14 maart 2010. meer informatie
De Britse kunstenares Clare Twomey werkt al tien jaar met klei. Haar sculpturale interventie in de architectuur van het Zuiderzeemuseum bestaat uit honderden scherven van huishoudelijk porselein en antieke keramische tegels. Het is alsof haar Monument dwars door de wanden het gebouw binnendringt. Door de vloeren heen, van buiten naar binnen, het lijkt zelfs alsof het de ruimte compleet wil bedekken. meer informatie
Vanaf de loopbrug, hoog boven de vloer van de schepenhal, hebben bezoekers van het museum een wijds uitzicht over de grootste verzameling houten schepen in Europa. Het is ook mogelijk om tussen de boten door lopen. Deze historische houten schepen horen tot de meest bijzondere stukken uit de verzameling van het museum. Te zien zijn onder meer een ijsvlet, een transportschip, een Sperwer en een Fries jagersbootje.
